El CIBERCV está formado por 40 grupos de investigación, pertenecientes a instituciones de naturaleza diversa: hospitales universitarios, universidades, Organismos Públicos de Investigación (OPI), como el propio Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) y el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), y centros de investigación de las comunidades autónomas.
El CIBERCV, área temática del CIBER, pertenece a este consorcio público, por tanto está regido por un Consejo Rector y una Comisión Permanente (órganos de gobierno y dirección) en el que participan las instituciones consorciadas.
La estructura de organización está compuesta por la Dirección Científica que junto al Comité de Dirección coordina la actividad de los Programas de investigación. La Unidad Técnica, ofrece el soporte administrativo necesario para el funcionamiento del CIBER.
